เดิมทีศูนย์แห่งนี้ได้ก่อตั้งขึ้นจากดำริของผู้บริหาร ณ วันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2551 ให้จัดตั้งศูนย์ฝึกทักษะทางคลินิก (Clinical Skills Center) โดยคำนึงถึงนิสิตแพทย์ว่าในอนาคตจะต้องเป็นบัณฑิตแพทย์ที่มีคุณสมบัติตามเกณฑ์มาตรฐานแพทยสภา และเพื่อให้สอดคล้องกับแผนยุทธศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย จนกระทั่งปี พ.ศ. 2560 ได้มีการรวมหน่วยงาน 2 หน่วยเข้าด้วยกัน คือ ศูนย์ฝึกทักษะทางคลินิก และศูนย์พัฒนาทักษะการแพทย์เสมือนจริง และเปลี่ยนชื่อหน่วยงานใหม่เป็น ศูนย์ฝึกทักษะการแพทย์เสมือนจริง (Clinical Skills and Simulation Center) ณ วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2560